（一）執行院內感染個案之監控、收案、統計、分析、處置、與預防。
（二）協助制定並定期修訂各項醫療照護相關感染管制政策及工作手冊。
（三）執行各類報告傳染病之通報並隨時提供相關資訊。
（四）執行醫護人員有關醫療照護相關感染管制之在職教育及諮詢。
（五）執行院內抗生素管制政策。
（六）員工健康維護。

依衛生福利部疾病管制署公佈之法定傳染病分為五大類共64項（包括第一類法定傳染病共4項、第二類法定傳染病共20巷、第三類法定傳染病共18項、第四類法定傳染病共15項、第五類法定傳染病共7項）。

除了法定傳染病之外，疾病管制署也公佈其他傳染病，如貓抓病、中華肝血吸蟲感染症、疥瘡感染症、CRE抗藥性檢測等共25項。及人畜共通傳染疾病，包括：病毒性疾病、立克次體與披衣菌及細菌性疾病、黴菌疾病、及其他疾病等。